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然而，已有的土壤微生物組研究大多基于單個過程（硝化作用）及其相關微生物，只有從氮素循環全過程和其微生物組的角度來研究，才能掌握土壤中氮素轉化的全貌并制定相應調控措施。土壤微生物組是地球污染物消納的凈化器，通過生物轉化深刻影響土壤中污染物賦存的形態和歸宿，是土壤具有消納污染物功能的關鍵。對于有機污染物而言，通過微生物的代謝和共代謝過程，污染物得以轉化或分解礦化。，通過穩定性同位素探針技術已探明土壤中能夠降解多環芳烴的微生物群落，特別是發現一些尚未得到人工分離和培養的新型微生物類群，并在堆肥系統發現了降解多環芳烴的重要功能微生物組。
