純化水和注射用水系統的運行需考慮到管道分配系統的定期清潔和消毒，通常有兩種運行方式。

一種是將水像產品一樣作成批號，即批量式運行方式�！芭�量式”運行方式主要是出于安全性的考慮，因為這種方法能在化驗期內將一定量的水份隔開來，直到化驗有了結論為止。

另一種是連續制水的“直流式”運行方式，可以一邊生產一邊使用。

注射用水的特點

此外還要考慮到管內流速對微生物繁殖的影響。當雷諾數Re達到10,000形成穩定的流時，才能有效地造成不利于微生物生長地環境條件。相反，如果沒有注意到水系統設計及制造中地細節，造成流速過低、管壁粗糙或管路存在盲管，或者選用了結構不適應的閥門等，微生物有可能依賴由此造成的客觀條件，構筑自己的溫床－生物膜，對純化水、注射用水系統的運行及日常管理帶來風險及麻煩。

注射用水的預處理設備所用的管道一般采用ABS工程塑料，也采用PVC、PPR或其他合適材料的。但純化水及注射用水的分配系統應采用與化學消毒、巴氏消毒、熱力等相應的管道材料，如PVDF、ABS、PPR等，好采用不銹鋼，尤以316L型號為佳。不銹鋼是總稱，嚴格而言分為不銹鋼及耐酸鋼兩種。不銹鋼是耐大氣、蒸汽和水等弱介質腐蝕的鋼，但并不耐酸、堿、鹽等化學侵蝕性介質腐蝕的鋼，并具有不銹性。

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